Qu’est-ce que Natura 2000 ?
Le réseau Natura 2000 est le plus grand réseau de zones protégées au monde. Créé par l’Union Européenne en application des directives Habitats (1992) et Oiseaux (1979), il vise à protéger les habitats naturels et les espèces les plus menacés d’Europe. En France, ce réseau couvre plus de 12 % du territoire national.
Un site Natura 2000 ne signifie pas une mise sous cloche du territoire. Les activités humaines y sont maintenues — agriculture, pêche, randonnée, sylviculture — mais encadrées par des mesures de gestion visant à préserver les espèces et habitats qui ont justifié la désignation. C’est un outil de développement durable, pas une réserve naturelle intégrale.
Les Vallées de la Loue et du Lison : un site d’importance européenne
Le site Natura 2000 « Vallées de la Loue et du Lison » est l’un des sites les plus remarquables de Bourgogne-Franche-Comté. Il couvre les vallées encaissées de la Loue et de son affluent le Lison, depuis leurs sources karstiques jusqu’à leurs confluences.
Ce site est classé à la fois en Zone Spéciale de Conservation (ZSC) au titre de la directive Habitats et en Zone de Protection Spéciale (ZPS) au titre de la directive Oiseaux.
Cette double désignation reflète l’exceptionnelle richesse biologique de ces vallées, dont la qualité des eaux et la diversité des habitats n’ont pas d’équivalent dans le Doubs.
Les espèces protégées qui habitent la Loue et le Lison
Les rivières du site abritent un cortège d’espèces emblématiques de l’Europe tempérée :

Mammifères aquatiques :
- La Loutre d’Europe (Lutra lutra) — mammifère semi-aquatique, indicateur d’écosystèmes aquatiques sains, dont la population s’est effondrée au XXe siècle
- Le Castor d’Europe (Castor fiber) — réintroduit dans le Doubs, il modifie les berges et crée des zones humides favorables à d’autres espèces
Poissons d’intérêt communautaire :
- L’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) — l’une des espèces aquatiques les plus menacées d’Europe, sensible à la pollution et aux maladies
- La Lamproie de Planer (Lampetra planeri) — espèce primitive dont la présence indique une eau propre
- Le Chabot (Cottus gobio) — petit poisson benthique vivant dans les cours d’eau froids et bien oxygénés
- La Truite fario (Salmo trutta) — emblème de la Loue, première catégorie piscicole
Invertébrés rares :
- La Mulette épaisse (Unio crassus) — moule d’eau douce en voie d’extinction, indicateur de qualité d’eau exceptionnelle
- La Moule perlière (Margaritifera margaritifera) — l’un des animaux les plus longévifs d’Europe (jusqu’à 130 ans), extrêmement sensible à la pollution
Habitats prioritaires :
- Prairies humides et mégaphorbiaies des berges
- Forêts alluviales à aulnes et frênes
- Sources pétrifiantes avec formation de travertins
- Grottes et eaux souterraines karstiques
Cussey-sur-Lison : la confluence protégée
La commune de Cussey-sur-Lison, à 15 km au Sud-Est de Quingey, occupe un site naturel particulièrement remarquable. Elle est implantée à la confluence de la Loue et du Lison, là où les deux rivières se rejoignent après leurs parcours karstiques respectifs.
Cette confluence est l’un des points les plus riches du site Natura 2000. Les zones humides créées par la réunion des deux cours d’eau, les méandres et les bras morts qui subsistent en bordure constituent des habitats irremplaçables pour de nombreuses espèces. Les Cussetois habitent donc au cœur géographique de la biodiversité protégée du canton.

Le Syndicat Mixte de la Loue : le gestionnaire du cours d’eau
La gestion du site Natura 2000 et la préservation de la Loue et de ses affluents sont coordonnées par le Syndicat Mixte de la Loue — tél. 03 81 52 38 33. Cet organisme public regroupe les collectivités locales riveraines pour une gestion concertée du bassin versant.
Le Syndicat Mixte de la Loue intervient sur plusieurs fronts :
- Surveillance de la qualité de l’eau : analyses régulières, suivi des indicateurs biologiques (indice biotique des macroinvertébrés, indice poisson)
- Entretien des berges : gestion de la ripisylve (la végétation des berges), lutte contre les espèces envahissantes (renouée du Japon, balsamine, etc.)
- Gestion des ouvrages hydrauliques : surveillance des seuils et barrages pour garantir la libre circulation des poissons
- Animation du Document d’Objectifs (DOCOB) : document de gestion qui définit les mesures à prendre pour atteindre les objectifs de conservation
Impact sur les activités : randonnée, pêche, kayak
Le classement en Natura 2000 ne supprime pas les usages traditionnels de la Loue et du Lison. La pêche à la truite reste autorisée selon les réglementations piscicoles habituelles. La randonnée sur les sentiers des gorges est non seulement permise mais encouragée — c’est l’un des meilleurs moyens de découvrir ces paysages exceptionnels.
Le kayak et le canoë sont pratiqués sur certaines sections de la Loue, avec des restrictions saisonnières dans les zones les plus sensibles pour préserver la quiétude des espèces reproductrices au printemps.
Les agriculteurs riverains bénéficient de Mesures Agro-Environnementales et Climatiques (MAEC) qui les indemnisent pour l’adoption de pratiques favorables à la biodiversité (maintien des prairies humides, réduction des intrants, installation de clôtures en bordure de cours d’eau).
Visiter le site Natura 2000
Pour découvrir le site Natura 2000 des Vallées de la Loue et du Lison depuis Quingey, plusieurs points d’entrée sont possibles :
- Gorges de la Loue : accessible depuis Quingey par le sentier balisé GR (vue plongeante sur les méandres)
- Sources du Lison à Nans-sous-Sainte-Anne : résurgence karstique spectaculaire, grotte Sarrazine, cascade du Creux Billard (hors canton mais dans le même site)
- Bords de la Loue à Buffard : balade plate le long de la rivière, idéale pour observer la loutre à l’aube ou au crépuscule
La richesse naturelle du canton de Quingey est inséparable de la qualité de ses eaux. Préserver la Loue et le Lison, c’est préserver l’âme même de ce territoire comtois.
Pour approfondir les enjeux de biodiversité en Franche-Comté, Echosciences Franche-Comté propose des ressources sur les écosystèmes régionaux et les espèces protégées.